Het eigenaarschap van het Prinses Máxima Centrum berust bij de Coöperatie die twee leden heeft, namelijk Vereniging Ouders, Kinderen en Kanker (VOKK) en Stichting Kinderoncologie Nederland (SKION). De raad van commissarissen verzorgt het wettelijk toezicht. De cliëntenraad vormt voor de raad van bestuur een zeer belangrijke raadgever vanuit het perspectief van de patiënt. Daarnaast zorgt de Kinderadviesraad voor proactieve betrokkenheid en medezeggenschap vanuit de leefwereld van kinderen met kanker en van survivors.
Voor de behartiging van de belangen van alle medewerkers is conform de wet uiteraard een ondernemingsraad actief. Het Prinses Máxima Centrum kent verder een wetenschappelijke adviesraad van internationaal gerenommeerde (kinderoncologische) wetenschappers, die de raad van bestuur bijstaan bij de ontwikkeling en uitvoering van de researchstrategie.
Het UMC Utrecht is een belangrijke strategische partner en mede-investeerder in de realisatie van het Prinses Máxima Centrum. Voor de werving en het beheer van gelden, bestemd voor de research en additionele voorzieningen die niet onder verzekerde zorg vallen, is de Stichting Steun het Prinses Máxima Centrum opgericht. In het belang van kinderen met kanker, hun ouders en hun omgeving staat het Prinses Máxima Centrum voor een open en verantwoordelijke wijze van besturing. De raad van bestuur wil dat bovenal in de praktijk waarmaken bijvoorbeeld door self assessments en door de raad van commissarissen actief feedback te vragen bij het management van de organisatie. Goede besturing begint immers bij een ontvankelijke houding en lerend vermogen.
